真理を探究する歩みの中で出来事を正しく判断し、正しいことをはっきりと表明し、それに誠実に従う強い意志
真理を純粋に誠実に受け入れ、実践する生活態度
本学院の児童がいつも胸につけている校章は、中央にエルミン（HERMINE）という動物を図案化し、その周囲にフランス語でOBEISSANCE ET PURETE（従順と純潔）の文字が記されている。エルミンはフランスの小動物で、"百合の花"ともいわれ、純潔の象徴として使われている。従順と純潔こそ創立者が学院に学ぶすべての者に期待し願ったモットーである。
小鳥は、大空を飛翔するのに二つの羽を持っております。
皆様にとっての二つの羽、それは校章に示された二つの徳、従順と純潔であります。
「創立25周年のお祝いに」から
校長 新井眞幸（あらいまさち）
そんな自分に気付き、神さまから自分に授かっている可能性を発見し、のびのびと開花させていきます。
愛と奉仕の精神、また生きるために必要な力を備え、家庭、地域、社会に積極的に関わっていけるような人に育ってほしいと願っています。
本学院（学校法人聖母女学院）はフランス、ヌヴェール市に本部を置く愛徳修道会の創立した総合学園の一端を担っています。
| 1921（大10） | 創立者メール・マリー・クロチルド・リュチニエはじめ7人の修道女来日 大阪の玉造カトリック教会内に居を定める |
|---|---|
| 1923（大12） | 聖母女学院設立許可を受ける。開校 生徒27名、職員15名 |
| 1948（昭23） | 京都深草旧16師団司令部の土地2万坪及び建物の払い下げを受ける。 |
| 1949（昭24） | 京都聖母女学院開校 小学生17名 中学生81名 メール・マリー・クロチルド・リュチニエ校長兼任 |
| 1957（昭32） | 小学校男女共学制になる |
| 1960（昭35） | 
校名を聖母学院と改称 |
| 1984（昭59） | 小学校校舎全面建て替えの許可おりる |
| 1986（昭61） | 
小学校校舎竣工 |
| 1991（平03） | コンピュータ教育を導入 |
| 1993（平05） | 聖母女学院創立70周年記念式典 |
| 1994（平06） | 京都・第1回NIE実践校として指定 ルワンダ救済活動開始 |
| 1999（平11） | 聖母学院小学校創立50周年 |
| 2000（平12） | 「大聖年ミサと音楽の集い」を国立京都国際会議場にて開催 |
| 2002（平14） | 稲盛財団「第18回京都賞授賞式」式典に合唱団出演(以後連続出演) |
| 2003（平15） | 国際コース開設 学力向上フロンティアスクールとして文部科学省より指定 「全国子どもの読書活動優秀実践校」として文部科学大臣賞受賞 「J-kidsホームページ大賞」優秀賞受賞 |
| 2004（平16） | 京都・第10回NIE実践校として指定 |
| 2005（平17） | 緊急メール配信システム導入（登下校状況のメール配信による通信） |
| 2006（平18） | 学童保育室設置（1～3年対象） |
| 2007（平19） | 弁当給食導入 |
| 2008（平20） | 西日本私立小学校連合連研修会授業公開 |
| 2009（平21） | 創立90周年記念事業開始 小学校体育館 耐震及びリニューアル工事 |
| 2011（平23） | 校名を京都聖母学院小学校と改称 |
